為了延續「旺宏科學獎」的創新精神，基金會於2004年9月成立「旺宏科學獎聯誼會」，每屆獲獎同學為當然會員，目前會員已達221人。聯誼會幹部由全體會員票選產生，幹部皆為義務職，每屆任期兩年。

基金會專案小組輔導聯誼會幹部們參與活動構思和執行舉辦每年年會，不定期舉辦各項研習活動，並邀請「旺宏科學獎」召集委員們及科技、人文等不同領域的大師，帶領會員們以輕鬆、活潑、愉快的進行方式探索生活、追求新知。

透過旺宏科學獎聯誼會資深前輩們，帶領年輕會員拓展視野、相互學習，永續經營旺宏科學新部落。